서울은 한국 미식축구의 발상지로 해방 후 서울대학교 내의 문리과대학, 상과대학, 공과대학, 사범대학 등에 대학 4개 팀과 보인상업고등학교에서 팀이 창설되어 활동을 하다가 잠시 공백기를 거친 후 1957년 성균관대학교를 필두로 1959년 서울대학교, 고려대학교, 한양대학교, 경희대학교, 단국대학교, 팀이 창설되었으며 1970년대 후반 연세대학교와 1980년대 중반부터 서울시립대학교, 홍익대학교, 용인대학교가 창설되었고 1990년대이후 한국외국어대학교, 중앙대학교, 건국대학교, 숭실대학교와 강원지역의 강원대학교, 한림대학교가 창설되어 14개 대학팀과 1개의 대학연합클럽, 4개의 사회인팀인 기산과학 골든이글스, 본 서울바이킹스, 서울 워리어스, 서울 카니보어스가 활동하고 있어 그 역사나 규모면에서 전국최고를 자랑하고 있다.
1988년까지 전국협회의 역할을 하던 서울협회는 1987년 가을 배상국님과 최길섭님이 별도의 서울협회 설립의 기틀을 마련하여 1988년 서울미식축구협회로 분리하여 이전제 님이 초대 회장으로 취임하였다.
이후 고승옥님, 황교일님, 정영하님, 최관식님, 강태선님, 윤석후님, 황성순님, 남광호님, 김길수님, 유인선님, 윤호규님, 박현상님, 김백호님 등이 회장을 맡아 서울협회는 발전을 거듭하였으며, 2016년 3월부터 이종희 회장이 제14대 회장으로 취임하여 현재에 이르고 있다.